Η συμμετοχή της μητέρας είναι επιθυμητή και συστήνεται σε όλες τις υποθέσεις ελέγχου πατρότητας, καθώς συμβάλλει στην αύξηση της ακρίβειας του αποτελέσματος. Στην πλειοψηφία των περιπτώσεων η απάντηση σε ένα τεστ πατρότητας μπορεί να δοθεί μόνο με την ανάλυση DNA του τέκνου και του υπό εξέταση πατέρα. Όμως υπάρχουν περιπτώσεις (π.χ. μεταλλάξεις, συγγενική σύνδεση μεταξύ των υποψήφιων πατέρων) όπου το γενετικό προφίλ της μητέρας απαιτείται για την εξαγωγή ασφαλούς συμπεράσματος. Επειδή το τέκνο κληρονομεί το 50% του γενετικού υλικού από τη μητέρα και το άλλο 50% από τον πατέρα, με τη συμμετοχή και των δυο γονέων το DNA του παιδιού μπορεί να ταυτοποιηθεί πλήρως με αυτούς, αντί της κατά 50% ταυτοποίησης στις περιπτώσεις των τεστ που διενεργούνται μόνο με τον έναν γονέα. Έχοντας διαθέσιμους για συμμετοχή στο τεστ και τους δύο βιολογικούς γονείς, αποδίδεται στη μητέρα το μισό γενετικό υλικό του τέκνου που προέρχεται από αυτή και το υπόλοιπο 50% είναι διαθέσιμο προς σύγκριση με το γενετικό υλικό του προς εξέταση πατέρα.
Για όλους τους παραπάνω λόγους, καθώς επίσης και για την εξακρίβωση της μητρότητας όσον αφορά τα ανήλικα τέκνα, στα τεστ νομικής/δικαστικής ισχύος συστήνεται αυστηρά η συμμετοχή της μητέρας, ενώ στα τεστ ιδιωτικής ισχύος η συμμετοχή της είναι προαιρετική.
