Σε υποθέσεις ελέγχου πατρότητας παρατηρείται συχνά η περίπτωση να υπάρχουν δυο υπό εξέταση πατέρες, οι οποίοι συνδέονται μεταξύ τους βιολογικά. Παρά το γεγονός ότι τα δυο αυτά άτομα, τα οποία έχουν βιολογική συγγένεια δεν εμφανίζουν πλήρη ομοιότητα στο γενετικό τους υλικό (έκτος αν είναι πανομοιότυπα δίδυμα) είναι πιθανό να μοιράζονται πολύ «όμοιο» γενετικό υλικό και αυτό να επιφέρει την ανάγκη για επιπλέον διερεύνηση της εκάστοτε υπόθεσης.
Αν για παράδειγμα οι υποψήφιοι πατέρες έχουν βιολογική συγγένεια 1ου βαθμού (σχέση γονέα-τέκνου), η πιθανότητα «ψευδώς» θετικού αποτελέσματος στον έλεγχο πατρότητας του τέκνου είναι υψηλή, καθώς έχουν μεταξύ τους κατά 50% πανομοιότυπο γενετικό υλικό.
Αν οι δυο υπό εξέταση πατέρες έχουν βιολογική συγγένεια 2ου βαθμού (αδέρφια), η πιθανότητα να «ταιριάζουν» με το τέκνο σε όλους τους γενετικούς τόπους που θα ελεγχθούν επίσης δεν είναι αμελητέα, καθώς ενδέχεται να εμφανίζουν μεγάλο βαθμό ομοιότητας στο γενετικό τους υλικό. Στην περίπτωση που τα δυο αδέλφια είναι ομοζυγωτικά δίδυμα, το γενετικό τους προφίλ είναι πανομοιότυπο, γεγονός που καθιστά πρακτικά αδύνατο το να εξαχθεί συμπέρασμα όσον αφορά την πατρότητα χρησιμοποιώντας τις καθιερωμένες μεθόδους ανάλυσης και ταυτοποίησης DNA.
Στην περίπτωση βιολογικής συγγένειας 3ου βαθμού και πάνω η πιθανότητα «ψευδώς» θετικού αποτελέσματος μειώνεται σημαντικά, ωστόσο σε κάθε περίπτωση διεκδίκησης της πατρότητας ενός τέκνου μεταξύ συγγενών συστήνεται ενδελεχής έλεγχος, ώστε να αποκλειστούν όλα τα ενδεχόμενα.
Η ιδανική συνθήκη για την ασφαλή επίλυση αυτών των υποθέσεων είναι ο έλεγχος και των δύο υποψήφιων πατεράδων, ενώ αν αυτό δεν είναι εφικτό το εργαστήριο ελέγχει επιπλέον γενετικούς τόπους για εκείνον που συμμετέχει ή/και συμπεριλαμβάνει στην ανάλυση και τη μητέρα.
